Gobernó dos veces entre 1914 y 1915 y entre 1933 y 1939, uno de los pocos militares que llegó a ostentar el grado de Mariscal. Ganó ascensos gracias al coraje y habilidades demostrados en el frente de batalla como la victoria de La Pedrera, en la frontera con Colombia, que le valió ser considerado héroe nacional.
Viajó a Europa para, entre otros propósitos, curarse del beriberi que contrajo en la selva. A su retorno y en circunstancias que existía un abierto enfrentamiento entre diversas fuerzas políticas y militares el 4 de febrero de 1914 se produjo la caída de Billinghurst y le encargaron estar al frente de una junta que en 18 meses devolvió la calma y estabilidad al país.
El segundo periodo de gobierno de Benavides comienza al producirse el asesinato de Sánchez Cerro (1933) y su primera preocupación fue lograr la paz con Colombia que se consigue con el Protocolo de Río de Janeiro.
Intentó la paz interna, con los apristas, al declarar una amnistía general que significó la libertad de Haya de la Torre, pero, ante una nueva intentona conocida como la conspiración de El Agustino, comienza otra vez la persecución que es respondida con atentados en todo el país.
Reabrió la Universidad de San Marcos, promulgó un nuevo Código Civil, recuperó la situación económica y financiera del Estado, construyeron las carreteras Panamericana, Central y varias otras de penetración a la sierra, reconstruyó el muelle y dique seco del Callao, el puerto de Matarani, hoteles de turistas en las principales ciudades, modernizó las fuerzas armadas, obras de saneamiento, creo los ministerios de Trabajo, Salud y Educación y fortaleció el seguro obrero, con barrios y comedores populares.
Las elecciones de 1936 fueron anuladas por un supuesto fraude y Benavides siguió gobernando pese al intento de golpe de uno de sus principales colaboradores Antonio Rodríguez Ramírez, quien tomó Palacio de Gobierno cuando se encontraba en Pisco.
El jefe de la Guardia de Asalto, Mayor Luis Rizo Patrón, metralleta en mano acabó con la intentona de Rodríguez. Lo mató.
Benavides era consciente del descontento popular por lo que en 1939 convocó a elecciones que fueron ganadas por Manuel Prado Ugarteche, por abrumadora mayoría. Los perdedores alegaron fraude.