Las instituciones de la izquierda judicial del Cono Sur mantienen relaciones principalmente con cuatro instituciones peruanas: el Instituto de Defensa Legal (IDL); la Comisión Andina de Juristas (CAJ); la Coordinadora Nacional de Derechos Humanos y la Comisión Episcopal de Acción Social (CEAS).
Con respecto al IDL, las relaciones con entidades chilenas y argentinas vienen de años atrás, cuando el eje de su labor estaba centrado en la defensa de los derechos humanos, siendo más fuerte con el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) de Argentina y con la Corporación Chilena de Derechos Humanos. Cabe agregar que estos vínculos se ven reforzados a su vez por la presencia de la Fundación Ford, en tanto las tres constituyen socios estratégicos de ésta en sus respectivos países.
Recientemente, el IDL ha establecido relaciones con otras entidades de estos países sobre la base de sus nuevas líneas de acción, como son las de seguridad ciudadana y administración de justicia, vinculándose en el primer caso con el Centro de Estudios para el Desarrollo (CED) de Chile, dirigido por Hugo Frühling, sobre la base de un proyecto regional financiado por la Fundación Ford, y en el segundo caso con el Centro de Estudios de Justicia de las Américas, formando parte de la Red de Organizaciones de la Sociedad Civil en Materia de Justicia (Red OSC).
Los intereses de IDL parecen estar puestos más bien en la región andina, donde ha promovido una Red Andina de Justicia de Paz y Justicia Comunitaria con organismos de Ecuador (CIDES), Colombia (CEJ) y Venezuela (Consorcio Justicia) para fortalecer su posición en el tema de justicia de paz, con el apoyo de la Unión Europea.
En el caso de la CAJ, ella mantiene aún fuertes vínculos institucionales con diferentes organizaciones del Cono Sur, especialmente con el Instituto de Estudios Comparados en Ciencias Penales y Sociales (INECIP) y CELS en Argentina, y el Centro de Investigaciones Jurídicas de la Universidad Diego Portales y la Corporación Forja en Chile, mediante la participación constante de expertos de estas instituciones en sus cursos internacionales de derechos humanos.
En definitiva, puede señalarse que salvo por los contactos que mantiene el IDL, las relaciones entre las instituciones de la izquierda judicial del Cono Sur con sus pares peruanas no son tan estrechas como aparentan ser. Ello explica por qué instituciones de larga experiencia en procesos de reforma procesal penal, como INECIP, la Universidad Diego Portales o CEJA, no hayan logrado aún una presencia significativa en el espacio nacional. En el caso de INECIP, ésta intentó crear una Oficina Regional a nivel de los países andinos, encabezada por un peruano, la que sin embargo no prosperó por la falta de apoyo económico a esta iniciativa.
«La propuesta de eliminar el fuero judicial castrense podría desestabilizar las Fuerzas Armadas y el estado democrático», afirmó el presidente del Consejo Supremo de Justicia Militar (CSJM), general Juan Pablo Ramos, en agosto del 2006; en su opinión, esto es lo que buscan las ONGs conformadas por el consorcio Justicia Viva y el Instituto de Defensa Legal (IDL). Tras señalar que la existencia de justicia militar está amparada la Constitución, el general Ramos, sostiene que suprimirla forma parte de una campaña sistemática que se inició desde el 2004 y ojalá no llegue a trascender.
Sobre el tema, cabe acotar que el Colegio de Abogados de Lima tiene más de 40 mil asociados, pese a ello, quien sostuvo la desaparición del fuero castrense fue el ex director de IDL e integrante de Justicia Viva, David Lobatón Palacios; y la demanda de inconstitucionalidad del Código de Justicia Militar, la sustentó el ex procurador Ronald Gamarra, también de Justicia Viva.
En consecuencia, genera demasiada suspicacia el desmedido interés de dichas instituciones de la izquierda caviar por arremeter contra la institucionalidad de las Fuerzas Armadas y la justicia militar. En tal sentido, el Presidente de la Corte Suprema de Justicia, Walter Vásquez Vejarano, denunció en setiembre de 2006, que el consorcio «Justicia Viva» tiene la intención de manejar el Poder Judicial, con una injerencia tal, que quiere participar de la conformación de los órganos jurisdiccionales, y aseveró que ONGs similares están incrustadas en el Poder Judicial y aprovecharían el voto universal para elegir al nuevo presidente de la Corte Suprema a fin de promover mediante los cursos de capacitación que dictan, a los candidatos que quisieran poner en la administración de justicia.
Adicionalmente, el Presidente del Poder Judicial agregó que «Justicia Viva» se encarga de capacitar a los magistrados sin la autorización expresa del Consejo Ejecutivo de la Corte Suprema, lo que demuestra un extraño interés en posicionarse dentro de la justicia peruana. En relación a este hecho, se sabe que en anteriores «cursos de capacitación» a los que hizo referencia el Presidente de la Corte Suprema de Justicia, se habría condicionado a los magistrados para que sean duros con los militares y blandos con los terroristas, y para que hagan tabla rasa del derecho a la presunción de inocencia en los procesos anticorrupción. Pero al abordar el tema, el Presidente de la Comisión de Defensa y Orden Interno del Congreso, el oficialista Luis Gonzales Posada (APRA), piensa que las ONGs deben ceñirse a un marco regulatorio. «Ni siquiera el Parlamento puede solicitar información o inmiscuirse en los procesos de selección de autoridades en las Cortes Superiores y menos en la Corte Suprema», recordó. Siendo más categórico aún, el Secretario General y congresista del APRA, Mauricio Mulder, expresa su alarma por el peligro proveniente de los sectores de la izquierda caviar, al considerar que tienen mucho poder extrapartidario, gracias a su manejo de ONGs y sus sólidos nexos con algunos medios de comunicación, lobbies de estudios de abogados y dinero que proviene de la cooperación internacional, sobre todo de EEUU, Canadá y Francia.
A la vez, confirmando una preponderante visión crítica en las altas esferas de la administración García sobre las ONGs de la izquierda caviar, Mulder no duda que estas instituciones están alrededor de los derechos humanos sirviendo de tontos útiles al terrorismo y en torno a la reforma del Poder Judicial (PJ), favoreciendo a quienes están en contra del PJ, buscando menoscabar su autonomía, «como la ONG IDL, que pretende inmiscuirse en la elección del presidente de la Corte Suprema».
En esa misma línea de cuestionamiento contra ONGs y organismos integrantes de la izquierda caviar, durante la IV Conferencia Interreligiosa Peruana, en la Pontificia Universidad Católica, del 15 de agosto de 2006, el presidente del Consejo de Ministros (PCM), Jorge Del Castillo Gálvez, denunció que «sectores de izquierda se apropiaron de la Comisión de la Verdad y Reconciliación (CVR) y excluyeron al APRA para presentarla como enemigo de aquella».
Pese a estas expresiones y en un giro inesperado, el premier luego nombró a Sofía Macher, como presidenta del Consejo de Reparaciones para las víctimas de la violencia terrorista, instalado en la PCM. A su turno, el vicepresidente de la República del gobierno de Alan García, Vicealmirante AP, Luis Giampietri Rojas, escribió el artículo: «El Reposo del Guerrero», con ocasión del fallecimiento del general Clemente Noel Moral en mayo de 2005, donde entre otras cosas expresa lo siguiente: «Más de veinte años después y basándose en acusaciones no vinculantes de la Comisión de la Verdad y Reconciliación, con la ayuda de ONGs y consorcios como Justicia Viva, el Instituto de Defensa Legal, la Comisión Andina de Juristas, Aprodeh, la Facultad de Derecho de la Universidad Católica, la Defensoría del Pueblo, jugando en pared con la Comisión y la Corte Interamericana de Derechos Humanos de Costa Rica a través de sentencias a la medida, y contando con el preocupante e insólito apoyo de tres millones de dólares del USAID del gobierno norteamericano; se ha iniciado una implacable persecución judicial sobre todos aquellos oficiales y personal subalterno que, obedeciendo órdenes de los jefes Supremos de las Fuerzas Armadas que los comandaron, lucharon y en muchos casos dieron la vida para lograr la paz de que gozamos, luego de transitar por épocas de inseguridad y muerte, que parece habríamos ya olvidado».(El plan del Foro de Sao Paulo contra las Fuerzas Armadas).