Es una forma elegante de decir ha pasado mucho tiempo. Se trata, como todos los dichos, de una metáfora que ilustra no solo el paso del tiempo, sino que han ocurrido muchas cosas, diversos acontecimientos que cambian el escenario por completo, la situación no es la misma de antes.
Puede significar que además del tiempo transcurrido, aquella persona que pudo ser tu pareja, pero no fue, se casó y tuvo hijos, formó una familia que no es la tuya.
Pasó mucha agua bajo el puente puede significar que el proyecto que pretendías desarrollar lo asumió otra persona y ahora es una realidad, es tarde para intentar algo así.
Otro significado que le atribuyen es que aquello que ocurrió en el pasado debe ser superado, lo debes olvidar.
Job 11: 16-17 Ciertamente olvidarás tus pesares o los recordarás como el agua que pasó, dice la Biblia, Tu vida será más radiante que el sol del mediodía y la oscuridad será como el amanecer.