A las 8:10 de la mañana, el Contralmirante Ponce Canessa se aprestaba a salir de su domicilio con dirección a su centro de trabajo el Ministerio de Guerra, vestía su acostumbrado uniforme blanco y portaba un kepi en una mano y en la otra un portafolio con documentos de trabajo.
Salió del garage conduciendo su automóvil y procedió a estacionarse en la puerta, para luego descender, hacer un encargo a la empleada doméstica que en ese momento cerraba la puerta corrediza de la cochera, y se despidió de su esposa Lía de Ponce y de uno de sus menores hijos.
Estos instantes habrían sido aprovechados por los senderistas para tomar sus respectivas posiciones. Al iniciar su marcha con dirección a la esquina formada por el Jr. Manarelli y Jiménez Pacheco, luego de avanzar unos diez metros aproximadamente, sobre paró el vehículo para trasponer el rompe muelles, instantes en que, conforme a lo planificado, los subversivos ubicados hacia el lado izquierdo se aproximaron hasta el vehículo.
Según algunos testigos, la pareja se acercó a la ventana del conductor para preguntarle la hora y cuando éste levantó la mirada para responder, le apuntaron con una pistola ametralladora, descargando una ráfaga contra el vehículo y uno de los disparos impacto en el rostro de la víctima, ocasionándole la muerte.
Inmediatamente después habría intervenido la otra pareja ubicada por el lado derecho del vehículo arrojando dos cargas de explosivos para cubrir el repliegue. Los explosivos prácticamente destrozaron el vehículo y las ondas expansivas generaron destrozos de varios vidrios en las casas aledañas y hasta en un poste de alumbrado público.
Una de las hipótesis, planteada por la unidad policial encargada de las investigaciones, es que muy probablemente la víctima repelió el ataque de los subversivos haciendo uso de su revólver calibre 38 y que logró herir a uno de los atacantes apostados en la acera del lado izquierdo, ya que, en este lugar se encontró gotas de sangre.
Este hecho, de acuerdo con las investigaciones, resulta concordante con las indagaciones practicadas luego de la detención de Aida Mendoza Mateo.
Terminada la acción, los senderistas huyeron rápidamente utilizando para tal propósito la camioneta Statión Wagon de Placa SO-5287, la misma que abandonaron en la segunda cuadra de la avenida Javier Prado Oeste.
En el lugar de los hechos quedó el vehículo de la víctima prácticamente destrozado y en su interior, el cuerpo inerte y sin vida del Contralmirante Ponce Canessa, manchas de sangre en el asiento delantero y las huellas de dos explosiones en el piso; en la acera del lado izquierdo, gotas de sangre; alrededor del vehículo, varios casquillos de arma de fuego, un revólver marca SW calibre 38 tipo largo de serie Nº AB82208, un folleto subversivo y una bolsa de papel beige. Indicios importantes para el trabajo de investigación policial.
El examen de medicina forense practicado al Contralmirante Ponce Canessa, determinó que presentaba una herida penetrante por proyectil de arma de fuego en la cabeza, así como lesiones contusas en el rostro. El examen balístico forense determinó que la víctima presentaba una herida penetrante en la región nasal del lado izquierdo, producida por un proyectil disparado por arma de fuego.
Pocos días después de la muerte del Contralmirante Ponce Canessa, la organización subversiva el PCP-SL, se atribuyó implícitamente la autoría del hecho en un documento difundido el 11 de mayo de 1986 por el denominado “Comité de Familiares de Presos Políticos, Prisioneros de Guerra y Desaparecidos”. En el documento se dice : Luego del aniquilamiento del contralmirante Carlos Alberto Ponce Canessa, miembro del Estado Mayor de la Marina, como tal, planificador de los genocidios perpetrados en las zonas de emergencia bajo su control, el Ministro de Marina Julio Pacheco Concha Hubner declaró: “Sepan los subversivos que han herido profundamente a la institución y sepan también que han despertado al León”. Así está anunciando venganza (Informe CVR)